Rogue Trooper is een Third Person Shooter, gebaseerd op het universum uit de gelijknamige science fiction stripboekenserie. De game speelt zich af op Nu Earth, een planeet met eindeloze oorlogen tussen de Norts en de Southers. Door het veelvuldige gebruik van chemische en biologische wapens is het milieu op de planeet ernstig vervuild. Temidden van deze chaos speel jij als eenzame soldaat die voor niemand anders dan zichzelf vecht: de Rogue Trooper.

Rogue Trooper is de ultieme soldaat en laatste overlevende van de massaal om het leven gebrachte Genetic Infantrymen. Door deze genetische manipulatie heeft Rogue Trooper verschillende bijzondere vaardigheden. Zo kan hij drie vrienden creëren, die met elk hun eigen manier van vechten het hoofdpersonage helpen tijdens zijn avontuur. Wapens zijn daarnaast op te waarderen door de bio-chips waarop deze gebaseerd zijn, terwijl je de mogelijkheid hebt allerlei soorten ammunitie voor deze wapens te creëren op welk moment je maar wilt.