In Machinarium maken we kennis met Josef, een klein robotje. Josef is gedumpt op een schroothoop. Hier zoekt hij al zijn onderdelen bij elkaar en gaat op zoek naar de grote stad. Al snel ontdekt Josef dat het niet helemaal snor zit. Drie gebroerders van de Black Cap Brotherhood willen een grote toren in de stad opblazen. Josef wordt ontdekt, en opgesloten. Josef is echter de enige die het hele plaats overziet, de enige die de Black Cap Brotherhood kan stoppen!

Het doel van Machinarium is een serie puzzels op te lossen. De puzzels zijn aan elkaar gekoppeld via een wereld dat doorlopen kan worden als een klassieke point-and-click-adventure. In 'Machinarium' kunnen echter enkel objecten aangeklikt worden die binnen het bereik van de kleine Josef vallen.

In Machinarium hoef je geen rekening te houden met dialogen, en dat geldt zowel voor tekst als voor audio. Het verhaal wordt verteld door middel van grafische dialogen, en extra informatie over het verhaal ontdek je pas wanneer je langer in een omgeving stil blijft staan.

Kom je er niet uit, dan biedt Machinarium de mogelijkheid om eens per level om hulp te vragen. Daarnaast is er een handleiding te vinden waarin te lezen valt hoe je de huidige puzzel moet doorlopen.

Machinarium is een unieke game die vooral op het grafische gebied onderscheidend is. Dergelijke avonturen zijn zeldzaam, en menig criticus is al betoverd door de magie van Machinarium.