In Zoo Tycoon 2 ben jij verantwoordelijk voor het draaiende houden van een dierentuin. Je zult prijzen moeten bepalen, dieren moeten aanschaffen en gemotiveerd personeel zoeken, inhuren en tevreden houden. Bovendien kun je uiteraard je eigen dierentuin helemaal opbouwen.
Je kunt meer dan 300 gebouwen plaatsen waaronder gebouwen om dieren in te tonen, gebouwen met een bepaald thema, attracties en meer. De kooien en behuizingen van de dieren zijn eenvoudiger te bouwen dan in de voorganger dankzij de nieuwe Habitat Builder. Met dit hulpmiddel is het erg eenvoudig om beekjes, watervallen en andere elementen te plaatsen. Bovendien zul je eenvoudig verschillende landschappen maken voor verschillende diersoorten: woestijnen, toendra’s, regenwouden en arctische toendra’s.

De gameplay van het tweede Zoo Tycoon-deel is aanzienlijk diepgaander dan dat van zijn voorganger. Je krijgt tijdens de Freeform en Campaign-modi allerlei willekeurige en dynamische uitdagingen voor je kiezen die je op de juiste manier zult moeten oplossen. Zo kan het voorkomen dat een dier ziek wordt en dat het jouw taak is verzorging te regelen om dit dier er weer bovenop te helpen. Niet alleen is de game diepgaander, het ziet er dankzij de 3D-graphics ook een stuk beter uit dan zijn voorganger. Bovendien kun je je eigen dierentuin ook helemaal bekijken vanuit de ogen van je gasten dankzij de Zootopia-functie.

African Adventures is een add-on voor Zoo Tycoon 2 die nieuwe scenario’s en uitdagingen bevat. Er zijn nieuwe Afrikaanse leefgebieden en attracties te bouwen en de uitbreiding bevat 20 nieuwe Afrikaanse diersoorten. Bovendien kunnen spelers verder op avontuur in hun eigen dierentuin dankzij de nieuwe Jeep Liberty.